我国从上世纪50年代起就开始进行“三废”治理工作。在2008年以前，制药行业没有全国统一的排污标准，执行的是1996版的《污水综合排放标准》。2008年8月1日，国家环保部发布的《制药工业水污染物排放标准》正式实施。这是国家首个专门针对制药工业废水排放发布的环境新标准。按照《标准》要求，原料药行业的废水排放标准更严，企业排水若不达标则面临停产整顿。

　　同时，《标准》细分为发酵类、化学合成类、提取类、中药类、生物工程类、混装制剂类等类别，并分别制定了标准，同时将启用“单位产品基准排水量”的概念检测企业排放的废水是否达标。生物药和原料药排污标准较以往有很大提高，水污染物排放限值也更为严格，其主要指标均严于美国标准。发酵类企业的COD、BOD和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准相接近，其中COD排放标准由首次征求意见时的150毫克/升，降到了120毫克/升，而更早之前《污水综合排放标准》的限值则为300毫克/升。经过两年过渡期，从2010年7月1日所有制药企业均按照《标准》执行。

　　国家环境保护制药废水污染控制工程技术中心教授级高级工程师、《制药工业水污染物排放标准》主要起草人之一任立人告诉记者，传统上，制药工业污染问题比较突出，是国家环保重点治理的12个行业之一。任立人指出，以牺牲环境为代价的重污染生产工艺、装备及企业将被加速淘汰。他表示，现有的废水污染防治设施能力与新《标准》要求存在着差距，企业需要拿出应对措施。“企业急需改进制药工艺，减少污染排放。粗略估计，一般企业为达到新《标准》要求而增加的环保运行成本在100%以上。”

　　制药工业生产工序多，使用原料种类多、数量大，原材料利用率低，从而产生的“三废”量大，排放物成分复杂，污染治理难度大。中国化学制药工业协会环保专业委员会秘书长、东北制药总厂高级工程师甘丽华也曾表示：“制药行业解决一个污染问题，其工作量相当于纺织业、造纸业解决同一问题工作量的5～8倍。 据国家环保部科技标准司周凤保处长介绍，新《标准》不仅更为细致地对污染物进行了划分，而且规定的水污染物排放限值也更为严格，其主要指标均严于美国标准，发酵类企业的COD（化学需氧量）、BOD（生化需氧量）和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准接近。新《标准》将启用“基准排水量”来确定排放是否达标。当企业同时生产多种药品，将产生的污水混合处理排放时，环保部门仍可按公式换算出水污染物基准水量排放浓度，判断排污是否超标。

　　“新规对污染严重的化学合成类、发酵类和提取类原料药生产企业影响较大。”任立人指出，“不排除环保新规将促进中国医药产业结构变化，从重污染的原料药型向轻污染的制剂型加快调整。”记者了解到，一些原料药生产大户如华药集团、联邦制药、东北制药总厂等在资金、技术上加大投入，大力开展ISO14001认证及EHS（环境、安全、职业健康系列）认证，并率先应用先进的环保技术。如东北制药总厂应用活性炭纤维膜回收含甲苯/甲醇废水；华北制药集团应用上流式厌氧污泥床处理技术和意大利多效蒸馏技术处理高盐废水等。对此，业内人士普遍认为，随着低碳经济理念的普及，国内制药企业的环保工作将持续高压，“搞环保，最重要的是必须有决心和理念，其次是资金和技术支持。”

　　近年来，国内“两高一资”（高污染、高环境风险、资源型）产品出口开始受限。中国化学制药工业协会专家委员会副主任沈贤姬认为：“对高污染产品，政策导向是能治则治，不能治则限。因此，企业必须重视环保。”国家环保部相关人士指出，新《标准》属国家标准，地标只能严于国标，任何地方都不是高污染企业的天堂，“环保将成为企业未来生存与发展的一条生命线！”